יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין

ליאור כהן; נעמה אורנשטיין; מוניקה וייס-הובשמן; לילי בזק; בלה דוידוב; איל רינשטין; שי צור; דורון בהר; פולה סמירין-יוסף; מלי שלמון-דיבון; עמית גרוס; מרדכי שוחט; לינה באסל

יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין

Translated title of the contribution: UTILIZATION OF WHOLE EXOME SEQUENCING IN DIAGNOSTICS OF GENETIC DISEASE: RABIN MEDICAL CENTER'S EXPERIENCE

ליאור כהן, נעמה אורנשטיין, מוניקה וייס-הובשמן, לילי בזק, בלה דוידוב, איל רינשטין, שי צור, דורון בהר, פולה סמירין-יוסף, מלי שלמון-דיבון, עמית גרוס, מרדכי שוחט, לינה באסל

Department of Molecular Biology

Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

Abstract

הקדמה: ריצוף כלל אקסומי (WES) מהווה שיטה המאפשרת לרצף במקביל ובמהירות גבוהה יחסית כ-20,000 גנים, לאיתור שינויים גנטיים העלולים להיות קשורים במצבי חולי. במאמר זה מסוכמות תוצאות הריצוף האקסומי של דנ"א ממטופלים לא מאובחנים שהופנו למכון הגנטי במרכז הרפואי רבין בשל חשד למחלה גנטית. שיטות: הפקת דנ"א בשיטות מקובלות, העשרת חלקים מקודדים בגנום (אקסונים) באמצעות ערכה Nextera Rapid Capture Expanded Exome, וריצוף באמצעות מכשיר HiSeq 2500 של חברת Illumina. סינון ובחירת שינויים גנטיים נדירים באמצעות אנליזה ביו-אינפורמטית, אימות בשיטת סנגר ובדיקת הפרדה (סגרגציה) בבני משפחה. תוצאות: בקרב 39 מטופלים שהופנו בחשד למחלה מונוגנית לא ידועה בוצעה בדיקת ריצוף אקסומי. הנבדקים הופנו בשל סימנים קליניים מגוונים, כאשר ב-%80 מהם הסימנים העיקריים היו נירולוגיים. בקרב %51.3 (20/39) מהמטופלים נתקבלה תוצאה חיובית – קבלת שינוי גנטי שנראה כי הוא מסביר בסבירות גבוהה את הסימנים הקליניים. בקרב %28 מהחולים התגלה שינוי בגן ידוע שדווח עליו בעבר כי הוא גורם למחלה, וב-%23 מהמטופלים התגלה שינוי בגן חדש שלא תואר בעבר כי הוא קשור לפנוטיפ. מתוך 20 המקרים שפוענחו ב-12 מטופלים – התגלתה צורת תורשה אוטוזומית רצסיבית, ב-7 מטופלים – תורשה אוטוזומית שולטנית (דומיננטית) ובנבדק אחד – תורשה בתאחיזה ל-X. מסקנה: עבור למעלה ממחצית מהמטופלים שהופנו אלינו לריצוף אקסומי בחשד למחלה גנטית, נעשה אבחון מולקולארי. תוצאה זו מוכיחה כי WES היא שיטת אבחון יעילה לאיתור הגורם הגנטי בקרב חולים עם חשד למחלה מונוגנית ללא אבחנה שנקבעה. פרט לאבחנה שנקבעה, שיש בה לעיתים הקלה רבה למטופל ובני משפחתו, למציאת הבסיס המולקולארי יש תרומה רבה: קביעת אבחנה מולקולארית יכולה לחסוך המשך בירור רפואי, לאפשר להעריך את סיכון ההישנות במשפחה, לבצע אבחון טרום לידה ולהתאים את המעקבים והטיפול לחולה. (מתוך המאמר)

Translated title of the contribution	UTILIZATION OF WHOLE EXOME SEQUENCING IN DIAGNOSTICS OF GENETIC DISEASE: RABIN MEDICAL CENTER'S EXPERIENCE
Original language	Hebrew
Pages (from-to)	212-216
Number of pages	5
Journal	הרפואה
Volume	156
Issue number	4
State	Published - 2017

IHP Publications

ihp
Diagnosis
Genetic disorders
Human gene mapping
Molecular genetics
Mutation (Biology)
אבחון רפואי
גנטיקה מולקולרית
מוטציות
מחלות והפרעות תורשתיות
מיפוי גנטי של בני אדם

Access to Document

Cite this

כהן, ל., אורנשטיין, נ., וייס-הובשמן, מ., בזק, ל., דוידוב, ב., רינשטין, א., צור, ש., בהר, ד., סמירין-יוסף, פ., שלמון-דיבון, מ., גרוס, ע., שוחט, מ., & באסל, ל. (2017). יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין. הרפואה, 156(4), 212-216. https://www.ima.org.il//FilesUpload/Medicine/0/233/116964.pdf

@article{cb502cb4d4a843c9be2fd541e5997506,

title = "יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין",

abstract = "הקדמה: ריצוף כלל אקסומי (WES) מהווה שיטה המאפשרת לרצף במקביל ובמהירות גבוהה יחסית כ-20,000 גנים, לאיתור שינויים גנטיים העלולים להיות קשורים במצבי חולי. במאמר זה מסוכמות תוצאות הריצוף האקסומי של דנ{"}א ממטופלים לא מאובחנים שהופנו למכון הגנטי במרכז הרפואי רבין בשל חשד למחלה גנטית. שיטות: הפקת דנ{"}א בשיטות מקובלות, העשרת חלקים מקודדים בגנום (אקסונים) באמצעות ערכה Nextera Rapid Capture Expanded Exome, וריצוף באמצעות מכשיר HiSeq 2500 של חברת Illumina. סינון ובחירת שינויים גנטיים נדירים באמצעות אנליזה ביו-אינפורמטית, אימות בשיטת סנגר ובדיקת הפרדה (סגרגציה) בבני משפחה. תוצאות: בקרב 39 מטופלים שהופנו בחשד למחלה מונוגנית לא ידועה בוצעה בדיקת ריצוף אקסומי. הנבדקים הופנו בשל סימנים קליניים מגוונים, כאשר ב-%80 מהם הסימנים העיקריים היו נירולוגיים. בקרב %51.3 (20/39) מהמטופלים נתקבלה תוצאה חיובית – קבלת שינוי גנטי שנראה כי הוא מסביר בסבירות גבוהה את הסימנים הקליניים. בקרב %28 מהחולים התגלה שינוי בגן ידוע שדווח עליו בעבר כי הוא גורם למחלה, וב-%23 מהמטופלים התגלה שינוי בגן חדש שלא תואר בעבר כי הוא קשור לפנוטיפ. מתוך 20 המקרים שפוענחו ב-12 מטופלים – התגלתה צורת תורשה אוטוזומית רצסיבית, ב-7 מטופלים – תורשה אוטוזומית שולטנית (דומיננטית) ובנבדק אחד – תורשה בתאחיזה ל-X. מסקנה: עבור למעלה ממחצית מהמטופלים שהופנו אלינו לריצוף אקסומי בחשד למחלה גנטית, נעשה אבחון מולקולארי. תוצאה זו מוכיחה כי WES היא שיטת אבחון יעילה לאיתור הגורם הגנטי בקרב חולים עם חשד למחלה מונוגנית ללא אבחנה שנקבעה. פרט לאבחנה שנקבעה, שיש בה לעיתים הקלה רבה למטופל ובני משפחתו, למציאת הבסיס המולקולארי יש תרומה רבה: קביעת אבחנה מולקולארית יכולה לחסוך המשך בירור רפואי, לאפשר להעריך את סיכון ההישנות במשפחה, לבצע אבחון טרום לידה ולהתאים את המעקבים והטיפול לחולה. (מתוך המאמר)",

keywords = "Exome, Genetic Diseases, Inborn/diagnosis, Genetic Testing/methods, Humans, Mutation, Phenotype, Sequence Analysis, DNA/methods, Whole Exome Sequencing",

author = "ליאור כהן and נעמה אורנשטיין and מוניקה וייס-הובשמן and לילי בזק and בלה דוידוב and איל רינשטין and שי צור and דורון בהר and פולה סמירין-יוסף and מלי שלמון-דיבון and עמית גרוס and מרדכי שוחט and לינה באסל",

note = "גיליון מיוחד: מרכז רפואי רבין",

year = "2017",

language = "עברית",

volume = "156",

pages = "212--216",

journal = "הרפואה",

issn = "0017-7768",

publisher = "Israel Medical Association",

number = "4",

}

כהן, ל, אורנשטיין, נ, וייס-הובשמן, מ, בזק, ל, דוידוב, ב, רינשטין, א, צור, ש, בהר, ד, סמירין-יוסף, פ, שלמון-דיבון, מ, גרוס, ע, שוחט, מ & באסל, ל 2017, 'יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין', הרפואה, vol. 156, no. 4, pp. 212-216. <https://www.ima.org.il//FilesUpload/Medicine/0/233/116964.pdf>

יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין. / כהן, ליאור; אורנשטיין, נעמה; וייס-הובשמן, מוניקה et al.
In: הרפואה, Vol. 156, No. 4, 2017, p. 212-216.

Research output: Contribution to journal › Article › peer-review

TY - JOUR

T1 - יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין

AU - כהן, ליאור

AU - אורנשטיין, נעמה

AU - וייס-הובשמן, מוניקה

AU - בזק, לילי

AU - דוידוב, בלה

AU - רינשטין, איל

AU - צור, שי

AU - בהר, דורון

AU - סמירין-יוסף, פולה

AU - שלמון-דיבון, מלי

AU - גרוס, עמית

AU - שוחט, מרדכי

AU - באסל, לינה

N1 - גיליון מיוחד: מרכז רפואי רבין

PY - 2017

Y1 - 2017

N2 - הקדמה: ריצוף כלל אקסומי (WES) מהווה שיטה המאפשרת לרצף במקביל ובמהירות גבוהה יחסית כ-20,000 גנים, לאיתור שינויים גנטיים העלולים להיות קשורים במצבי חולי. במאמר זה מסוכמות תוצאות הריצוף האקסומי של דנ"א ממטופלים לא מאובחנים שהופנו למכון הגנטי במרכז הרפואי רבין בשל חשד למחלה גנטית. שיטות: הפקת דנ"א בשיטות מקובלות, העשרת חלקים מקודדים בגנום (אקסונים) באמצעות ערכה Nextera Rapid Capture Expanded Exome, וריצוף באמצעות מכשיר HiSeq 2500 של חברת Illumina. סינון ובחירת שינויים גנטיים נדירים באמצעות אנליזה ביו-אינפורמטית, אימות בשיטת סנגר ובדיקת הפרדה (סגרגציה) בבני משפחה. תוצאות: בקרב 39 מטופלים שהופנו בחשד למחלה מונוגנית לא ידועה בוצעה בדיקת ריצוף אקסומי. הנבדקים הופנו בשל סימנים קליניים מגוונים, כאשר ב-%80 מהם הסימנים העיקריים היו נירולוגיים. בקרב %51.3 (20/39) מהמטופלים נתקבלה תוצאה חיובית – קבלת שינוי גנטי שנראה כי הוא מסביר בסבירות גבוהה את הסימנים הקליניים. בקרב %28 מהחולים התגלה שינוי בגן ידוע שדווח עליו בעבר כי הוא גורם למחלה, וב-%23 מהמטופלים התגלה שינוי בגן חדש שלא תואר בעבר כי הוא קשור לפנוטיפ. מתוך 20 המקרים שפוענחו ב-12 מטופלים – התגלתה צורת תורשה אוטוזומית רצסיבית, ב-7 מטופלים – תורשה אוטוזומית שולטנית (דומיננטית) ובנבדק אחד – תורשה בתאחיזה ל-X. מסקנה: עבור למעלה ממחצית מהמטופלים שהופנו אלינו לריצוף אקסומי בחשד למחלה גנטית, נעשה אבחון מולקולארי. תוצאה זו מוכיחה כי WES היא שיטת אבחון יעילה לאיתור הגורם הגנטי בקרב חולים עם חשד למחלה מונוגנית ללא אבחנה שנקבעה. פרט לאבחנה שנקבעה, שיש בה לעיתים הקלה רבה למטופל ובני משפחתו, למציאת הבסיס המולקולארי יש תרומה רבה: קביעת אבחנה מולקולארית יכולה לחסוך המשך בירור רפואי, לאפשר להעריך את סיכון ההישנות במשפחה, לבצע אבחון טרום לידה ולהתאים את המעקבים והטיפול לחולה. (מתוך המאמר)

AB - הקדמה: ריצוף כלל אקסומי (WES) מהווה שיטה המאפשרת לרצף במקביל ובמהירות גבוהה יחסית כ-20,000 גנים, לאיתור שינויים גנטיים העלולים להיות קשורים במצבי חולי. במאמר זה מסוכמות תוצאות הריצוף האקסומי של דנ"א ממטופלים לא מאובחנים שהופנו למכון הגנטי במרכז הרפואי רבין בשל חשד למחלה גנטית. שיטות: הפקת דנ"א בשיטות מקובלות, העשרת חלקים מקודדים בגנום (אקסונים) באמצעות ערכה Nextera Rapid Capture Expanded Exome, וריצוף באמצעות מכשיר HiSeq 2500 של חברת Illumina. סינון ובחירת שינויים גנטיים נדירים באמצעות אנליזה ביו-אינפורמטית, אימות בשיטת סנגר ובדיקת הפרדה (סגרגציה) בבני משפחה. תוצאות: בקרב 39 מטופלים שהופנו בחשד למחלה מונוגנית לא ידועה בוצעה בדיקת ריצוף אקסומי. הנבדקים הופנו בשל סימנים קליניים מגוונים, כאשר ב-%80 מהם הסימנים העיקריים היו נירולוגיים. בקרב %51.3 (20/39) מהמטופלים נתקבלה תוצאה חיובית – קבלת שינוי גנטי שנראה כי הוא מסביר בסבירות גבוהה את הסימנים הקליניים. בקרב %28 מהחולים התגלה שינוי בגן ידוע שדווח עליו בעבר כי הוא גורם למחלה, וב-%23 מהמטופלים התגלה שינוי בגן חדש שלא תואר בעבר כי הוא קשור לפנוטיפ. מתוך 20 המקרים שפוענחו ב-12 מטופלים – התגלתה צורת תורשה אוטוזומית רצסיבית, ב-7 מטופלים – תורשה אוטוזומית שולטנית (דומיננטית) ובנבדק אחד – תורשה בתאחיזה ל-X. מסקנה: עבור למעלה ממחצית מהמטופלים שהופנו אלינו לריצוף אקסומי בחשד למחלה גנטית, נעשה אבחון מולקולארי. תוצאה זו מוכיחה כי WES היא שיטת אבחון יעילה לאיתור הגורם הגנטי בקרב חולים עם חשד למחלה מונוגנית ללא אבחנה שנקבעה. פרט לאבחנה שנקבעה, שיש בה לעיתים הקלה רבה למטופל ובני משפחתו, למציאת הבסיס המולקולארי יש תרומה רבה: קביעת אבחנה מולקולארית יכולה לחסוך המשך בירור רפואי, לאפשר להעריך את סיכון ההישנות במשפחה, לבצע אבחון טרום לידה ולהתאים את המעקבים והטיפול לחולה. (מתוך המאמר)

KW - Exome

KW - Genetic Diseases, Inborn/diagnosis

KW - Genetic Testing/methods

KW - Humans

KW - Mutation

KW - Phenotype

KW - Sequence Analysis, DNA/methods

KW - Whole Exome Sequencing

UR - https://merhav.nli.org.il/primo-explore/search?vid=ULI&lang=iw_IL&query=lsr10,contains,000960413

M3 - מאמר

C2 - 28551919

SN - 0017-7768

VL - 156

SP - 212

EP - 216

JO - הרפואה

JF - הרפואה

IS - 4

ER -

יישום שיטת ריצוף כלל אקסומי לאבחון מחלות גנטיות: ניסיון המכון הגנטי במרכז הרפואי רבין

Abstract

IHP Publications

Access to Document

Other files and links

Cite this